新生儿呼吸窘迫综合征有可能会引起脑损伤。尤其是患儿机体缺氧状态持续时间较长时，有可能会导致患者出现低氧血症以及混合性的酸中毒，有可能会导致患者出现脑损伤，因为可能会引起缺氧、缺血性脑病。
如果明确疾病诊断后，及时地补充活性物质，改善机体的缺氧状态时，一般不会产生脑损伤。
在治疗后，应该要密切关注宝宝的各项生长发育情况。如果有抽搐、焦虑不安等情况时，应该要及时地到医院就诊，要考虑有脑损伤的可能，需要及时地做康复训练以及使用药物治疗。