长效青霉素也是一种青霉素类抗生素，与青霉素副作用相当。长效青霉素最重要的副作用即过敏反应，会出现皮疹、荨麻疹、面色苍白、血管性水肿、哮喘症状、胸闷等。严重者可能出现过敏性休克，出现血压下降、呼吸困难、昏迷、四肢强直等，如果抢救不及时会引起死亡。所以使用长效青霉素一定要做皮试试验，对其过敏者绝对禁止使用。
长效青霉素还有消化系统反应，出现恶心、呕吐、腹泻等，对肾功能也有一定损害。肌肉注射的时候还可能出现肌肉疼痛、压痛、周围神经炎等。
本品需要在医生指导下使用，用药期间需注意监测肾功能，以防发生肾功能不全。