指甲有小坑又称甲凹点，常见的有甲营养不良，多由于维生素、微量元素缺乏、营养不良甚至贫血而导致的。好发于偏食、挑食、过度节食以及一些慢性疾病，导致营养吸收障碍引起的营养不良、贫血的人群。这种情况一般在补充维生素、微量元素、纠正贫血、营养不良的症状，指甲有小坑的症状也会有所缓解。
还有一些慢性皮肤疾病，如银屑病、扁平苔藓、红斑狼疮等也可能会引起指甲有小坑的现象发生。
临床上应积极明确引起指甲有小坑的原因，去除病因并对症治疗。