小便龟头疼，可能是由下端尿道发炎，或者下端尿道囊肿引起的。因为无论是发炎或者是囊肿，在排尿时尿液都会刺激到患处，从而引起疼痛。
另外患有龟头炎，会引起龟头肿大，这时排尿也会引起龟头疼痛。如果是龟头炎引起的，不仅会引起龟头疼痛，同时还会引起龟头瘙痒红肿。平时可以用清水清洗干净龟头保持龟头卫生，以缓解龟头疼痛症状。
无论是哪种原因引起的，都建议尽早做尿道分泌物检查和尿常规检查，查明具体病因，然后给予治疗。