膝盖关节囊肿消除的方法有物理疗法、药物治疗、手术治疗等，要依据病因、囊肿大小等，选择合适的治疗方法。
1.物理疗法。如果患者膝盖的关节囊肿比较小，可以选择物理疗法，例如热敷、红光理疗、微波理疗等，促进局部组织的血液循环，有利于囊肿的消散。
2.药物治疗。当囊肿比较小时，也可以选择药物治疗，例如滑膜炎颗粒、洛索洛芬钠、氟比洛芬巴布膏等，具有消炎镇痛的作用。
3.手术治疗。当囊肿比较大，合并疼痛、行走不便等症状，药物治疗无效的可以选择手术治疗改善症状，例如囊肿切除术、囊肿穿刺引流术等。