肾囊肿很可能发生癌变，但癌变的可能性极低。患有肾囊肿时，如果肾囊肿体积小，往往没有临床症状，大多是在泌尿系统超声或腹部CT检查时偶然发现。然而如果肾囊肿体积较大，可能会发生由于压迫肾收集系统而引起的腰和腹部疼痛、高血压，甚至肾积水。
临床上，有些肾囊肿容易发生恶性转化，因此患有肾囊肿时，应定期复查泌尿超声或腹部CT检查。
如果出现软组织肿块、囊肿中厚度不均匀的分离和囊肿壁中的结节，这些特征通常表明肾囊肿易于发生恶性转化，这需要外科治疗，通常肾囊肿一定要注意腹部出现撞击和挤压。