小头畸形和狭颅症主要的区别是病因不同。狭颅症多见于儿童，多是由于骨缝在各个原因下提前闭合，导致颅腔狭小，从而限制了颅内脑组织的生长，引起头疼、头晕、头颅小、智力低下等严重临床症状。
而小头畸形则是由于各种原因引起的脑组织发育迟缓，当脑组织发育缓慢后，就会导致颅骨生长缓慢，从而导致颅骨相对于同龄人变小。
所以两个疾病虽然症状相同，但是具体病因是不同。当出现上述症状后，需要神经外科检查头部CT或者磁共振来明确诊断。具体治疗方法包括：狭颅症是通过手术来恢复正常的骨缝来促进发育，小头畸形一般治疗效果差，主要是营养神经促进脑组织发育。