鞘膜积液手术后遗症主要有五方面：一、出血，二、感染，三、输精管损伤，四、睾丸萎缩，五、复发。因为手术是需要打开阴囊和鞘膜，如果术中没有完全彻底止血以及术后进行剧烈活动，可能会导致内部结痂脱落，引起出血，同时进行的开放手术那么就会有感染的风险，因此患者在必要时需要进行抗生素的对症治疗。同时通过清洁换药，防止切口出现感染。
对于部分患者输精管可能会出现损伤，特别是在小儿患者，由于鞘膜积液的囊壁是很薄，而且与精索密切粘连，可能会损伤的输精管，部分患者也会存在睾丸萎缩，因为输精管也就是在精索部位损伤到精索的血管，特别是动脉，会导致睾丸营养不足。从而产生睾丸萎缩。对于少部分患者鞘膜积液手术之后仍然有复发的可能，这些都是术后的后遗症，但是目前随着技术的提高以及手术方式的完善，一般后遗症很少发生，不用过度担心。