引起十二指肠疼痛的原因有十二指肠炎症、十二指肠溃疡等，正常情况下人体并不会出现腹部或十二指肠部位疼痛的现象，如果出现局部疼痛，主要考虑是局部的炎症或溃疡引起的。
十二指肠肠溃疡的患者，夜间食物已经完全消化，胃酸会对溃疡的部位造成刺激，所以空腹的状态下，患者容易出现十二指肠部位疼痛。
另外夜间迷走神经会高度兴奋，刺激胃酸导致胃酸过度分泌，所以患者夜间十二指肠部位疼痛的会更加明显，这种时候应到医院消化内科进行系统的检查，并且在医生指导下口服抑制胃酸的药物进行系统的治疗可以得到明显的缓解。