卵巢囊肿切除会导致排卵功能出现障碍，部分人会引起不孕不育。卵巢是女性的重要生殖器官，主要的作用就是分泌孕激素、雌激素、排出卵子。
卵巢囊肿比较严重的患者，在治疗上是以手术切除治疗为主，手术切除分为囊肿切除、卵巢输卵管切除两种方法。如果患者采用的是囊肿切除，能够保留正常的卵巢组织，因此对女性的排卵功能影响不大，这类女性的生育能力是可以保留的。
但如果采用的是输卵管卵巢切除术，由于卵巢已经被切除，因此无法分泌孕激、素雌激素，并且也不会产生卵子，女性会因此而出现不孕不育，并且更容易出现内分泌紊乱。