导致自然流产的病因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。
1.胚胎因素。胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因，约占50~60%。
2.母体因素。全身性疾病，比如母亲患有全身性疾病，如严重的感染、高热、严重贫血、心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病或高血压；生殖器异常，包括子宫畸形、子宫肌腺瘤、宫腔粘连、子宫肌瘤；内分泌异常；孕妇的身体和精神受到不良刺激，孕妇过量的吸烟、喝酒、喝咖啡、吸毒，都可以引起流产；免疫功能异常。
3.父亲因素，精子染色体异常也可能导致流产。
4.环境因素，过多接触放射线和甲醛等有害物质都可以引起流产。 要进行自然流产的预防，防止下次怀孕时不再发生自然流产，就要从病因进行着手预防。
如果是母体全身性疾病引起的，比如严重的感染、高热、严重贫血、心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病或高血压史、优生五项异常。对症治疗后，各项指标都恢复以后再怀孕；检查内分泌异常，比如高催乳素血症、多囊卵巢综合症、黄体功能不全、甲状腺功能减退、糖尿病、血糖控制不良都可以引起流产，都要先进行治疗才能怀孕。
如果有不良的习惯，比如抽烟、喝酒、喝咖啡，吸毒都要及早的停止。还要注意不能让产妇有身体和精神的不良刺激，免疫方面有异常时也要进行治疗，尽量不要接触有害的放射线和有毒物质。
父亲的精液异常时也要先进行对症治疗。总之，只有把引起自然流产的各种病因去除以后才能怀孕，才有可能最大限度的预防自然流产的发生。