前后两次检查发现肾囊肿消失，其原因可能有两种：一种是囊肿破裂，囊液被吸收，再次检查时就会发现囊肿消失。另一种原因是检查仪器分辨率差，检查结果有误，本身无肾囊肿，所以再次复查时囊肿消失，只要没有伴随症状，可定期肾脏超声复查就可以。
临床确诊肾囊肿存在，只要直径低于5cm，对肾脏一般不会造成压迫刺激，临床也无伴随症状，可以不用治疗处理，定期超声监测就可以。
一旦是肾囊肿测值大于5cm，并且伴随腰背部疼痛等症状，可考虑去顶减压手术处理。