新冠肺炎的危害主要在于呼吸系统，也有少数患者可能出现新冠病毒侵犯消化道、神经系统，甚至生殖系统的情况。
一般新冠肺炎的轻症患者，症状仅为发热、咳嗽等，呼吸系统不出现明显的损害。而重症患者肺部往往发生较严重的间质性炎症，可能发生不可逆的组织纤维化，肺功能有较难恢复的下降。
新冠病毒常侵犯的ACE2受体，不仅多见于肺组织，在鼻或者口腔黏膜中也有分布。感染新冠病毒的患者味觉和嗅觉感受器受损，会出现味觉和嗅觉功能减退。而侵犯消化道的患者，可能出现腹泻等症状。