肠瘘会导致很多并发症。因为患了肠瘘之后，如果病情很严重，患者是不能进饮食的。
这时必须通过静脉补充机体所需要的营养，时间长了有可能导致患者水及电解质代谢紊乱，发生低钠血症或低钾血症等并发症。而且长时间体外营养有可能导致胆红素代谢异常，患者出现病理性黄疸。
有的肠瘘必须及时进行手术修补，如果延误了治疗，可能导致患者发生重度感染。从而发生感染性休克，严重的会死亡。
肠瘘患者因为长期营养不良会出现消瘦，甚至是极度虚弱。