男性生殖器畸形大多为先天性畸形，多发人群主要有：
1.患者父母存在遗传性疾病遗传给患者，或者是患者自身的染色体发生变异。
2.患者母亲在怀孕期间过量服药或者是错误用药，诱发患儿生殖器畸形。
3.患者母亲在怀孕期间经常暴露于存在放射性、毒性，以及化学性的环境当中。
4.母亲存在细菌性、病毒性的感染，遗传到患儿身上，引发生殖器畸形。
除此之外，受到会阴部外伤和接受泌尿、生殖系手术的患者，也可能导致男性后天性的生殖器畸形，常见于阴茎畸形和睾丸畸形。