治疗新型肺炎的药物有副作用，常见的副作用包括了胃肠道症状、过敏等。
在治疗新型肺炎时，如果使用了大剂量的激素，可能会引起股骨头坏死、消化道出血、血压、血糖升高等等。如果使用了大环内酯类的抗生素，可出现血管的疼痛、恶心、呕吐等。如果使用喹诺酮类的抗生素，可以出现头晕、心悸、乏力等。
在治疗新型肺炎时，要注意药物的副反应以及禁忌证，例如喹诺酮类的药物，18岁以下以及80岁以上禁止使用。如果患者有癫痫等病史，也是不能使用喹诺酮类抗生素的抗生素。