新生婴儿心脏出生时或之后，心脏内可仍存在缺损或闭合不全情况，正常情况下一般在生后3个月前，最迟不超过6个月可自行愈合，心房、心室之间不存在异常分流问题。当这些缺损不能按时闭合，或闭合不好或其它复杂病理结构时则为先天性心脏畸形，都属于先天性心脏病的范畴。
小儿先天性心脏病的治疗需要根据心脏缺损或者异常结构、临床表现轻重等综合评估后制定治疗方案。室间隔缺损肌部的小缺损若在5毫米以下时，有望自行愈合，但须动态观察至5岁，如果还不能自愈合就须手术治疗。
房间隔缺损、动脉导管未闭及其它问题均应根据孩子病情轻重，择期进行手术治疗。选择的方式有开胸手术、导管法封堵手术等，部分重症复杂性先心病应及早手术，若长期分流可导致肺血增多、肺动脉高压而损害肺脏，加重心脏负荷引起心脏肥大，损害心功能。