对于小阴茎的治疗，根据不同的原因，那么有不同的治疗方案。主要有两类，一是药物治疗，二是手术治疗。
1.对于药物治疗主要是进行内分泌治疗，如促性腺激素释放激素类似物进行治疗，如同矮小症一样，需要定期打针。以达到使阴茎再次发育的目的。
2.而对于药物保守治疗效果不明显，患者必要时只能进行手术，即阴茎延长术，但是不适合用于幼儿和少儿。一般是对于成人如果仍然是小阴茎，那可以进行手术对症治疗。部分患者也可以在证实雄激素低下的情况下，如检查睾酮含量较低，可以口服安特尔也就是十一酸羟睾酮补充雄激素来进行对症治疗。