心源性脑血栓一般情况下不需要进行手术治疗，如果脑血栓比较大，可能会导致脑细胞水肿，引起高颅压、脑疝，危及患者的生命，可以进行手术切除部分脑组织，临时缓解高颅压，以挽救生命。
引起心源性脑血栓常见的疾病包括心房纤颤、心脏瓣膜病、心脏粘液瘤、严重心律失常和严重患冠心病，应积极治疗原发病。
比如心房纤颤引起时可抗凝治疗，常用的药物有肝素、低分子肝素和华法林；大面积脑梗塞的患者应综合评分来考虑是否应用抗凝药物，同时进行脑保护治疗，应用改善血循环的药物，躯体症状和体征严重时可以应用丁苯酞，病情稳定后针灸和康复等综合治疗。