肺炎衣原体阳性及时治疗不是特别严重。这种情况表明由衣原体引起的肺炎，及时治疗可以改善。
此外还需要结合其他临床表现，如果有严重的呼吸道症状，如咳嗽，再结合肺炎衣原体阳性，通过积极地抗感染治疗，控制住病情发展。但肺炎衣原体感染也会出现肺外表现，如会引起脑炎，这种情况就比较严重，所以一定要多加注意。
衣原体肺炎一般可以通过空气中飞沫进行传播，免疫力低下者、年老体弱的人群相对容易被感染。在使用抗生素治疗的时候一定要足疗程，以防复发。