通常单纯性肾囊肿在临床上面可以没有任何不舒服的症状，肾囊肿的发现往往是因为在体检或者在住院的过程中，偶尔被发现。近几年体检人群的健康意识逐渐普及，肾囊肿的发现率越来越多。
如果患者的肾囊肿直径比较大，比如直径达到4厘米以上时，可能会出现腰酸腰胀。如果出现囊肿有大量出血，可以使囊壁突然扩张，包膜受压或者牵拉引起患者出现剧烈腰痛。
当有囊肿感染时，除了疼痛加重以外还会出现发热、全身肌肉酸痛、恶心、呕吐的症状，甚至会出现肉眼血尿。在比较少见的情况下，有些比较大的肾囊肿可以压迫肾脏实质，会引起患者出现血压升高，导致患者头晕、头痛的症状。