肾活检及对染色组织光镜检查，为诊断免疫介导性肾脏病，估计其预后及选择治疗提供了一个好的方法。有鉴于不同的免疫机制，可以引起相似的形态学变化。因此使用荧光素标记的特异抗体的免疫荧光显微镜检查，也有助于甄别肾脏中免疫成分的定位及其类型，补体沉积的类型和形式有助于诊断。
电子显微镜检查可见肾小球和肾小管结构增厚及其成分的亚纤维变化，并能够阐明免疫沉积的存在与定位，尿液分析常常有助于检查药中的蛋白及有形成分。
肾病范围的蛋白尿常提示了有潜在的免疫机制，补体蛋白水平的不同常可用于鉴别免疫介导性肾脏病的类型。组织相容性试验，可以帮助诊断某些类型的免疫介导性肾病。