藿香正气水中含有酒精成分，服用这个药物的主要禁忌为，对酒精过敏者禁用。
如果联合用药，不得和头孢菌素类，还有呋喃唑酮、酮康唑、甲硝唑、替硝唑这类药物同时使用，以免发生不良反应。用药期间，也不可同时服用滋补性的中药或中成药，以免影响药效。
藿香正气水适用于夏天中暑、肠胃型感冒、风寒感冒者服用。若患有风热感冒，不能使用这个药物。如果是老人或者儿童，要在医生的指导下服用。而且本药物中含有生半夏，所以不要过量或者长期服用。