脐膨出的发生原因是并没有很明确，有很多的脐膨出的发生是和染色体异常有关系。有染色体异常而发生脐膨出的人群，常常同时会伴有一些其他的畸形问题，比如巨舌或者是巨体，也就是内脏体积大等。
也是多发生于男胎、多胎、肥胖孕妇，也常常发生于以下一些染色体突变的胎儿中，比如13三体综合征，或者18三体综合征，或者21三体综合征等。
是从胚胎时期就已经开始发育异常的一种畸形，也有的发生原因是受胚胎时期的药物，或者是不良环境等影响。