慢性贾第虫病的症状表现为腹泻、腹胀、低热等，患者在刚患上贾第虫病时可能不会出现明显的症状，但这些病患可能会排出可感染性包囊，在患上贾第虫病的时候必须及时的进行治疗，不能懈怠。
慢性贾第虫病患者在感染1-3周的时间里，症状会比较轻微，可能会排泄水样恶臭的大便，腹部还可能会出现痉挛性疼痛，胃肠道胀气和打嗝也是属于慢性贾第虫病的症状。
患者患病后会出现低热、头疼，比较严重的患者可能会因为脂肪和糖吸收不良，而出现体重越来越轻，慢性贾第虫病有时候会导致儿童患者出现发育障碍的问题。