1.鼻咽部其他恶性肿瘤（如淋巴肉瘤） 淋巴肉瘤好发于青年人，原发肿瘤较大，常有较重的鼻塞或者耳部症状，该病淋巴结转移，不单局限于颈部，全身多处淋巴结均可受累，颅神经的损伤不如鼻咽癌多见，最后需要病理确诊。
2.鼻咽部结核 患者多有肺结核的病史，除鼻阻以外，还有低热，盗汗、消瘦等症，检查见鼻部溃疡、水肿、颜色较淡。分泌物的涂片可找到抗酸杆菌，可伴有颈部淋巴结结核；淋巴结肿大、粘连、无压痛；颈淋巴结穿刺可找到结核杆菌；PPD试验强阳性。另外X线胸片常提示肺部的活动性的结核灶。
3.增生性的病变 鼻咽顶壁或者顶后壁以及顶侧壁见单个或多个结节，隆起如小丘状，大小一般在0.5cm～1cm左右，结节表面黏膜呈淡红色，光滑，多是在鼻咽黏膜或腺样体的基础上发生，部分是黏膜腺体分泌旺盛，形成潴留性的囊肿。当结节表面的黏膜出现粗糙、糜烂、溃疡或渗血，需要考虑癌变的可能，应予活检，以明确诊断。
4.其他 鼻咽癌还需与鼻咽纤维血管瘤、咽旁间隙肿瘤、颈部和颅内肿瘤（如脊索瘤、桥脑小脑角肿瘤）等相鉴别。