新生儿晚期代谢酸中毒的并发症主要是会引起呼吸功能衰竭，有一部分患者会导致肾脏功能衰竭。这种情况出现，首先需要在医师指导下，应用药物纠正酸中毒的，如果有存在明显的肾脏功能衰竭的情况下，建议需要进行血液透析。
如果有存在呼吸功能抑制或者存在呼吸功能障碍，这种情况是可以在医师指导下进行气管切开，避免导致呼吸骤停，避免引起机体过度缺氧。在纠正酸中毒维持生命体征的情况下，首先需要明确酸中毒的原因，纠正酸中毒的病因。