牙齿不整齐在临床上称为牙列不齐，牙列不齐的原因分先天因素与后天因素。
1.先天因素。进化是牙列不齐的最常见原因，由于人类在进化过程中所咀嚼的食物越来越精细，导致颌骨的长度与宽度发育都相对退化，但牙齿的退化相较颌骨缓慢，牙量大于骨量的情况下会出现牙列不齐。如在胚胎时期外胚叶发育不全，亦可导致形成牙齿发生变异，比如出现畸形牙、牙齿缺失等，这也是导致牙列不齐的因素之一。
2.后天因素。在儿童时期乳牙缺失过早，恒牙萌出位置会因此受到影响，恒牙萌出的正常位置发生改变，导致牙列不齐。另儿童时期有不良口腔习惯，惯用某侧牙齿咀嚼食物、咬下唇等，会导致该处牙齿受力量牵引而发生位置改变。