小儿柴桂退热颗粒组方药物中，大部分都是微寒、辛甘、微苦的中药，还有温性的桂枝，只有黄芩的药性苦寒，药性比较平和，相对副作用很少或比较轻微，如能做到正确辨证使用，一般没有什么副作用。
只有少数孩子由于肠胃的不耐受，在服用药物后，有可能就会出现反胃、恶心，或者呕吐，有时也会伴随腹痛、腹胀、腹泻等肠胃道的不良反应。
因此，若是脾胃功能差的患儿，尽量不要使用这种药物，或选择在饭后服用药物，以减少或避免对胃肠道的不良刺激或造成损伤，特别是有些孩子用药后，也可能出现的消化道反应比较严重，对此要立即停药并就诊。