男性生殖器畸形分为先天性病因和后天性病因两方面。男性生殖器畸形主要可以包括包皮畸形、阴茎畸形、输精管畸形、附睾畸形、睾丸畸形等。后天性的病因比较少见，多是外伤或者医源性损伤所造成的。
绝大多数的男性生殖器畸形属于先天性的病因，其影响因素主要包括：
1.细菌、病毒的感染导致胚胎畸形。
2.染色体等遗传因素的影响。
3.胎儿环境因素，怀孕的时候仍处于有放射性、毒性、化学性的环境中，诱发胎儿畸形。
4.药物因素，怀孕的时候过度用药或者未按药物的适应症、禁忌症用药，诱发胎儿畸形。