巧克力囊肿是会出血的，会出现周期性的出血，血液积聚于囊腔内，而不会流入腹腔。
因为巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成的，有活力的子宫内膜在卵巢内受卵巢激素水平的影响，跟月经同步，每个月都会出现出血的情况，所出的血流不出来，积聚在囊腔内就形成巧克力一样的囊液。当巧克力囊肿越来越大，囊腔内的压力越来越大，就有可能发生自发性破裂或者当腹部受到挤压，导致卵巢囊肿破裂，就会可能会出血。大量的出血以及囊液流入腹腔，就会引起急腹症，引起腹痛，有些出现腹膜刺激症状。
巧克力囊肿会导致月经异常，会引起排卵障碍，会导致不孕，也会引起痛经。