丙戊酸钠和丙戊酸镁两种药物的区别如下：
首先，在用途上略有区别，丙戊酸钠主要用于癫痫大发作和失神性发作，对于婴幼儿痉挛性发作也有一定作用。丙戊酸镁作用比较广，适合于各种类型的癫痫发作，同时，还对各种精神性疾病也有作用，例如狂躁症等。
其次，两种药物的化学组成不同，一种是丙戊酸加钠，而另一种是丙戊酸加镁。丙戊酸钠和丙戊酸镁在临床上广泛应用，应在医师指导下规范应用。应根据癫痫发作的类型和患者的病情等方面选择药物，根据患者的病情调整用量。