由于单纯性肾囊肿一般没有症状，对肾功能和周围组织影响也不大，因此不需要特殊治疗，但要定期复查，监测囊肿有无变化。
如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。如果囊肿巨大，超过5cm且有症状，应进行手术治疗，包括经皮肾囊肿穿刺抽吸术、腹腔镜肾囊肿去顶减压术、后腹腔镜肾囊肿去顶减压术、开腹切除肾囊肿等。
后腹腔镜肾囊肿去顶减压术近年来越来越被泌尿外科医师接受，因为其创伤小、术后恢复快、对腹腔脏器的干扰小、手术效果好等优点，而开腹切除肾囊肿因为创伤大、费用高，越来越不被接受。