慢性鼻窦炎在治疗时，临床用药通常以下列几种为主：
首先，慢性鼻窦炎患者通常会使用局部药物治疗，此类药物主要以糖皮质激素类药物、减充血剂类药物为主。此类药物具有较为强大的消炎、消除水肿和充血表现的作用，可以改善患者因为慢性鼻窦炎所造成的鼻窦黏膜肿胀、充血以及分泌物渗出等表现，从而缓解鼻腔的通气功能。
其次，慢性鼻窦炎的症状如果较为严重，还可以配合口服阿莫西林，以及罗红霉素等抗生素类药物进行消炎治疗。