出现骶骨囊肿如果没有产生腰痛以及神经症状的，可以采取随访观察的办法，无需进行特殊的治疗。如果已经产生腰痛或者下肢的运动感觉异常、二便功能障碍等症状，要采系统的治疗。可以先进行保守治疗，如果效果不佳，必要时可以采取手术治疗。
骶骨囊肿属于一种良性病变，大部分患者是没有症状的。如果骶骨囊肿比较大，持续进展，造成马尾神经的压迫，从而产生腰痛、下肢的放射性疼痛、运动感觉异常，以及二便功能障碍等症状。可以先采取卧床休息、消炎镇痛、放松肌肉、减轻神经根水肿、物理治疗等方式缓解症状。
如果效果理想，在日常生活中加强保养保健，防止症状的复发。如果治疗效果不理想的，出现症状的持续加重，反复发作，可以采取手术治疗。