核酸检测的结果大部分是准确的，少部分由于各种因素会出现假阴性的问题。
出现假阴性的原因有以下几种：检测取样的样本质量不确定，目前最常用的是鼻咽拭子，如果检测时间过早或者检测者的病毒含量较低，就难以确定为阳性。
医务人员的取样方法也会有影响，样本采集的时间在疾病进展的早期或者晚期，此时患者的鼻咽部存在的病毒可能很少，主要集中在肺部难以采集到，必要时可以进行肺泡灌洗采集。样本由采集运往实验室的过程中，没有正确地保存和运输，受到污染等，也会导致出现假阴性。