交叉异位肾融合的发生与两肾相接触的时间有关，异位肾常位于正常肾的下侧，一般两肾上升是同步的。但异位肾却落后于正常肾，所以，异位肾的上极与正常肾的下极相融合。
引起肾脏交叉异位的具体原因尚不确定，有人认为可能是脐动脉的位置异常，产生一种压力阻碍了肾脏向头侧迁移，从而转向阻力较小的对侧。也有人认为是发育成肾脏和输尿管的输尿管芽跨过中线游走进入对侧或在肾上升过程中肾脏和其输尿管转位到对侧。还有人推测胚胎在发育过程中，尾部的交错排列和旋转异常，导致肾脏交叉异位。