胃肠间质瘤是怎么样引起，目前科学研究还没有定论，正在研究之中。不过，一般情况下认为，胃肠间质瘤的形成可能与先天性的遗传基因有一定关系，与家族史有一定关系，与平常的生活习惯也有一定关系。
比如生活中经常吃一些刺激性的食物，吃一些腌制食品，吃一些烧烤类的油腻食物，暴饮暴食，吃一些滚烫的食物等，这些都容易造成胃肠道间质瘤高发的主要原因。
但是，具体的原因，目前科学研究还在研究之中，还不是从根本上没有了解到胃肠间质瘤形成的具体原因。