恶性甲状腺瘤治疗一般都是首选手术进行切除治疗，如果在手术之后发现存在病灶部位残留，可以进行碘-131治疗，将病情控制之后，再进二次手术，彻底将恶性甲状腺瘤癌细胞组织去除。
另外，部分患者还需要长时间地服用左旋甲状腺素片药物，以此来保证患者的正常甲状腺功能，以免身体出现其他的并发症问题。
对于恶性甲状腺瘤已经进入到晚期的患者，因为存在多部位的转移，而且还手术治疗效果也是不理想，所以建议采用化疗、靶向药物等综合治疗手段。