肛门疼痛，要结合患者实际情况分析原因。
首先，考虑是否存在软组织损伤的情况，例如肛交等不健康性行为，导致肛管黏膜损伤。另外，如果患者存在腹泻、便秘等情况，排便时大便干燥或者短时间内多次排便，也会造成肛管黏膜损伤，从而出现疼痛症状。
其次，考虑肛肠科病变，以肛裂病变常见，主要由于肛管黏膜撕裂损伤，排便时导致伤口开裂，出现疼痛、便血症状。除肛裂病变外，肛周脓肿、肛瘘、肛管炎、肛窦炎，也可能诱发肛门疼痛症状出现。
最后，如果患者存在消化系统病变，例如低位肠癌、肠炎、肠结核，也会诱发症状出现。需要患者及早就医检查，确诊病情再针对性治疗。