肺移植在临床上是许多疾病治疗的最终手段，对于病人的身体情况、耐受性以及医务工作者的技术、医疗条件等都有严格的要求。
手术指征目前比较严格，例如当肺部的疾病造成肺功能严重受损，内外科治疗都没有效果，预期寿命比较短，并且没有其它重要脏器的合并损伤等条件，才能够考虑进行肺移植。
由于供体数量有限，配型不一定成功，因此目前肺移植并不能作为常规的治疗方式。肺移植以后，术后还会出现感染、缺血再灌注损伤、排斥反应等严重的并发症，不论是手术还是术后都存在较大的风险。