输卵管囊肿可以微创手术，也可以保守观察。输卵管囊肿多是输卵管由于炎症的形成囊壁比较薄，内部含清亮透明液体的囊性改变。
如果囊肿大于五个厘米，原则上可以手术治疗，可以微创手术治疗。可以在腹腔镜下行输卵管囊肿剥除术，或囊肿切开引流术。优点是既可以去除囊肿又可以取病理，可以通过病理了解有没有恶性，或者其他的问题，也可以在阴道超声，或者是经腹超声的引导下行输卵管囊肿穿刺术，缺点是不易取病理。
如果输卵管囊肿小于五个厘米可以观察，也可以用一些活血化瘀的药物定期复查。