HPV16阳性比较容易引起宫颈病变，因此一旦发现之后，需要进一步完善阴道镜检查以及病理活检。
如果未见明显异常，不需要进行特殊治疗，可以半年后再次复查。在这期间可能会通过自身免疫力转阴。
也可以配合应用重组人干扰素α2b阴道泡腾胶囊，来帮助机体清除病毒。
但如果出现持续性感染，引起宫颈上皮内瘤变等情况，需要进行宫颈锥切手术治疗。
HPV16阳性是一种高危型的HPV感染，致癌能力比较强，因此一旦发现之后，一定要提高警惕。