肛周脓肿轻微，处于发病初级阶段，炎症浸润，尚未化脓时，可以采取保守治疗的方法，可口服或静点抗生素，高锰酸钾肛门熏洗坐浴，外用红霉素软膏，痔疮栓纳肛，口服缓泻剂缓解排便时疼痛，轻微肛周脓肿可以治愈。
如果保守治疗不缓解，感染扩散形成了脓肿，要及时进行手术治疗。
肛周脓肿形成后不及时手术治疗，肛周疼痛和肿胀加重，有的患者出现发热、乏力等症状，后期还会形成肛瘘，肛周脓肿向深部发展，会形成深部肛周脓肿，引起全身感染，危及生命。