小檗碱不能长期服用。虽然这种药物的副作用，相对并不是很大，但是毕竟也属于药物，也有一定的药物毒性。这种肠道抗感染药物，长期服用也会对身体有一定伤害。
长期服用小檗碱有可能会造成胃部不适，比如引起腹泻或者便秘等症状，还可刺激消化道引起反胃、恶心、呕吐或者皮疹等。
因此，小檗碱的使用要按照药物的使用说明，按正确的用法、用量服用，或者遵医嘱用药。不要擅自长期用药，以免有损身体健康。