黑变病和咖啡斑的区别在于发病的原因和临床症状上。
从发病原因角度考虑，黑变病主要是由于日常生活中接触了一些化学物质，或者是一些焦油类的物质而导致的，也可能是由于紫外线刺激而引发。而咖啡斑则是由于遗传因素或者是某些疾病而引发，没有明确的外界物质的接触史。通过询问患者的日常生活和接触的物质就能够进行区分。
而从临床症状上，黑变病主要会有明显的轻度的瘙痒，而且会有一定的红斑样改变，形成的皮肤黑色改变会有一定的角化性现象。而咖啡斑一般不疼不痒，与皮肤完全相平，形成的这种斑片边界是清晰的，而且表面没有毛囊样角化。