导致出现自然流产最常见的原因，就是因为胎儿或者胚胎染色体结构发育异常或者数目异常。
另外，母体合并全身性疾病，比如母体严重的高血压、糖尿病以及严重感染、高热疾病和消耗性疾病、以及严重的营养不良、严重贫血，都有可能导致出现胚胎营养发育不良，而出现自然流产的情况。
再者，如果母体子宫发育畸形，比如黏膜下肌瘤或者宫颈内口松弛等，也可能会导致出现晚期的自然流产。并且孕妇如果有不良的生活习惯，比如吸毒、酗酒以及长期吸烟，或者长期处在有毒有害的化学环境中，比如刚装修好的房子甲醛严重超标时，也可能会导致胚胎停止发育而出现自然流产。