如果新冠肺炎的患者合并菌血症，在菌血症没有进一步发展前，要积极消除感染灶、增强体质，预防病情进一步发展成毒血症或脓毒血症。
尤其是一些年龄比较大的患者，由于自身免疫力下降，很容易在新冠肺炎的影响下，造成急性器官功能损害的现象。一旦发生胆道、泌尿道、呼吸道感染的现象，为了防止病情进一步发展，要立即采血进行培养，并且使用抗菌药物进行抗感染治疗。同时，也要针对新冠肺炎进行抗病毒治疗，可以使用洛匹那韦、利巴韦林、磷酸氯喹等药物。
新冠肺炎的患者平时一定要保持大便通畅。因为肠道当中是储存细菌最多的地方，如果不断在肠道堆积，细菌往往可以穿过肠壁进入到人体的血液循环中，导致菌血症的发生。