婴儿心脏病引起的原因，主要和以下方面的因素引起有关系：
第一，先天性因素。这是引起婴幼儿心脏病的最常见原因，这种先天性心脏病具有结构方面的疾病改变，比如房间隔缺损、冠状动脉瘘或者动脉导管未闭等。也有心律失常相关的疾病，比如预激综合征，这种情况也属于先天性的心脏病改变。
第二，遗传因素。部分婴儿心脏病的发病和遗传有关系，比如肥厚型心肌病以及某些离子通道疾病，比如长Q-T间期综合征等都和遗传有关系。
第三，后天因素。比如病毒性心肌炎的发病，和后天的病毒性感染引起有关系。