多囊卵巢综合征的发病原因是在遗传因素的基础上，长期受到环境毒素的刺激，以及不良生活方式的影响而患病的。
如果母亲有这样的疾病，后代女性有50%的几率会被遗传。如果母亲在怀孕的时候有妊娠期高血压、体重超标的情况，或者孕期胎儿长期暴露在高雄激素的刺激下，子代发生多囊卵巢综合征的几率也会增大。
多囊卵巢综合征有家族聚集的现象，同样的生活方式，比如无节制地进补、营养过剩、静坐均可以增加患病几率。长期接触环境中的双酚A、多氯联苯也会干扰内分泌，增加多囊卵巢综合征的风险。